Trata de una asignatura de carácter optativo con contenidos instrumentales. A partir del conocimiento del estado previo de los sistemas ecológicos, los modelos permiten establecer (de forma aproximada) su evolución temporal. Por ese motivo, se utilizan para la previsión de escenarios futuros de cambio climático, impacto ambiental y explotación, y permiten optimizar las medidas de gestión de la biodiversidad y de los recursos. Existen muchos tipos de modelos ecológicos y la disciplina crece a una gran velocidad, por lo que tratar de reunir en un sólo curso todos ellos es una tarea imposible. El énfasis principal girará en torno a los modelos vinculados al estudio de recursos marinos.
Efectivamente, para la gestión moderna de recursos marinos se hace imprescindible el uso de modelos que permitan realizar predicciones del tamaño de poblaciones a corto y largo plazo; predicciones con la fiabilidad suficiente como para determinar las políticas de explotación adecuadas. Estos modelos dinámicos de poblaciones son, por supuesto, modelos matemáticos.
Se hace necesario, por lo tanto, un mínimo conocimiento de las herramientas matemáticas que, una vez bien planteado el modelo, pueden usarse para su análisis. La mayor parte de las veces se tratará de herramientas con un cierto grado de sofisticación y no se podrá pretender que el alumno comprenda la matemática en la que se sustentan. Sólo se recurrirá a la matemática mínima necesaria para garantizar un correcto uso de las herramientas. Este uso se ilustrará utilizando un paquete informático (comercial como MATLAB o libre como OCTAVE) orientado al cálculo científico y la visualización gráfica.
Se dedicará parte del curso al manejo de la plataforma EwE (Ecopath with Ecosim and Ecospace). Se trata de un software, de gran popularidad, diseñado para la gestión de pesquerías. Servirá para introducir al alumno en el uso del modelado para la gestión de pesquerías, la exploración de opciones de gestión, el impacto de Áreas Marinas Protegidas, la predicción del movimiento de contaminantes o el efecto de cambios ambientales. Por lo que supone como plus de capacitación profesional se concluirá el curso examinando las capacidades del paquete informático manejado durante el curso para el diseño de software propio.